本所之設立教育目標及核心能力如下：
- 教育目標：
1. 培育高水準的核子工程與科學專業人才。
2. 養成具備前瞻性、國際觀與團隊精神的核能專業領袖人才。
3. 從事核子工程、核子科學、與輻射應用領域之前瞻研究。
4. 提供政府有關核能、核子科學與輻射應用領域的充分資訊與決策參考。
5. 配合國家社會能源發展需求，推廣核能科技教育。
- 核心能力：
1. 運用專業核子工程與科學知識的能力。
2. 應用實驗或模擬以探討核子工程與科學問題，以及獨立解決問題的能力。
3. 增進策劃及執行研究計畫的能力。
4. 務實中英文科技論文閱讀與撰寫、檢索文獻與簡報的訓練。
5. 強化規劃、領導與執行團隊合作的能力。
6. 發掘與分析工程問題，以及創新思考與研發的能力。
7. 認識核能發電的國際發展趨勢，瞭解核能、核子工程與科學技術與輻射對環境、社會及全球的影響，並培養終身自我學習成長的能力。
8. 體認專業倫理及社會責任之能力。